Urodził się 24 października 1919 roku we Štefurovie niedaleko Bardejowa. W 1939 roku zdecydował się uciec do ZSRR. Opuścił dom pod koniec listopada. Doszedł aż do Sanoka i przekroczył granicę, lecz został zatrzymany przez Sowietów i umieszczony w więzieniu. Początkowo przebywali tam jedynie polscy złodzieje, ale stopniowo więzienie zostało przepełnione. Bačkovskiego przeniesiono wówczas do większego więzienia w Samborze.

W maju 1940 roku więźniowie zostali przeniesieni do Woroszyłowgradu (dziś Ługańsk), gdzie jesienią odbyły się przesłuchania. Bačkovský został skazany na pięć lat łagru. Więźniowie zostali zebrani/skoncentrowani w pobliskim kościele w Starobielsku.

W Workucie i Uchcie więźniowie pracowali w lasach. Znajdowały się tam złoża węgla kamiennego – więźniowie musieli pozyskać wielkie ilości drewna, aby móc zbudować potrzebne drogi oraz linie kolejowe. Ján Bačkovský wraz z innymi więźniami mieszkał w drewnianych barakach. Z powodu niedostatku jedzenia wielu więźniów zmarło z głodu. Jánowi pomógł fakt, że przez dwa miesiące pracował jako urzędnik. Był wówczas odpowiedzialny za żywność oraz przeliczanie ile kotłów jedzenia będzie danego dnia przygotowywane.

7 stycznia 1942 Ján Bačkovský został zwolniony z łagru. Udał się do miejscowości Krutaja, gdzie znajdowało się centrum dla wyzwolonych więźniów. Stamtąd został przewieziony do Czibju (Uchta), gdzie po raz pierwszy od dawna spotkał Czechosłowaków. Tam przebywał w obozie, gdzie więźniowie otrzymywali pewną małą ilość jedzenia, ale nie mieli żadnych naczyń. Jedzenie otrzymywali w chusteczkach.

Wyczekana podróż do Buzułuku trwała cały miesiąc – tramsport jechał przez Moskwę i Niżny Nowogród. W Buzułuku Ján ukończył miesięczne szkolenie wojskowe i został wysłany do szkoły podoficerskiej dla rezerwistów. Po czterech miesiącach opuścił szkołę jako starszy szeregowy i wkrótce awansował na kaprala. Po raz pierwszy uczestniczył w walce podczas bitwy pod Sokolovem. Następnie prze Duklę doszedł aż na terytorium Słowacji.

Następnie Bačkovský został wcielony do jednostki w Koszycach, gdzie wiodło mu się bardzo dobrze. Ostatecznie trafił do ośrodka szkoleniowego, gdzie zastał go koniec wojny. Zwierzchnicy wysłali go do Akademii Sztabu Generalnego w Warszawie. Po dwóch latach spędzonych na uczelni, gdy spędzał wakajce w rodzinnym domu, nie otrzymał pozwolenia na powrót do Warszawy. Pozostał na Słowacji i pracował na wydziale wojskowo-lekarskim jako dyrektor instytutu nauk wojskowych w Hradci Králové.